Meletusnya gunung Merapi bulan Oktober 2010 membuat ribuan pengungsi yang tersebar di berbagai tempat di Yogyakarta dan Jawa Tengah. Berdasarkan data yang berhasil dihimpun oleh website news.okezone.com, per tanggal 8 November 2010, jumlah pengungsi korban letusan Gunung Merapi terus bertambah, terutama setelah zona bahaya diperluas menjadi 20 km. Hingga malam ini malam, jumlah pengungsi di Jawa Tengah dan Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) mencapai 278.403 jiwa. Jumlah tersebut berasal dari Kabupaten Klaten 58.482 orang, Kabupaten Boyolali 60.643 orang, Kabupaten Magelang 102.353 orang,Kota Magelang 2.772 orang, dan Kabupaten Sleman 54.153 orang. Para pengungsi tersebar di berbagai titik lokasi pengungsian.

Melihat situasi darurat tersebut MDS melakukan assessment untuk memberikan bantuan bagi para korban bencana tersebut. Selanjutnya MDS dengan dukungan dari GGKMI, MCC, donatur dalam dan luar negeri memberikan bantuan tanggap darurat untuk korban gunung merapi tersebut selama sekitar 3 bulan dari 27 Oktober 2010 - Akhir Januari 2011.

Pada saat tanggap darurat untuk Merapi inilah perwakilan PGI (Persekutuan Gereja Indonesia) mengunjungi POSKO MDS. Kehadiran perwakilan dari PGI ini bertujuan untuk memberi dukungan kepada MDS sekaligus (bagi MDS) merupakan bukti pengakuan PGI pada sinode GKMI yang dinilai telah banyak bergerak dalam penanganan bencana nasional.

Dalam program ini telah disalurkan logistik pangan dan perlengkapan non pangan untuk 3.700 jiwa dengan vokus bantuan di tempat pengungsian Sewukan dan Deyangan, Kecamatan Dukun, Kabupaten Magelang, pelayanan trauma healing dan pelayanan kesehatan pada 550 orang. Nilai logistik yang telah terkumpul dan dibagikan kurang lebih 500 juta rupiah.

Selain bantuan di atas secara khusus MDS bekerjasama dengan GKMI Yogyakarta memberikan dukungan dalam penyediaan nasi bungkus sebanyak 1.300 bungkus setiap hari selama 10 hari. Sedangkan untuk bantuan pemulihan, MDS bekerjasama dengan MCC melaksanakan program pendampingan masyarakat untuk pembersihan rumah dan lingkungan, dukungan bibit sayur jangka pendek, ketahanan pangan dan TOT Trauma Healing untuk para guru, pegawai kesehatan dan tokoh agama dan masyarakat di desa Sewukan.

Suasana pengungsi korban letusan gunung Marapi yang didampingi oleh MDS.