Sebuah gempa bumi 7,6 skala Ritcher melanda Padang pada hari Rabu, 30 September 2009. Menurut Pusat Meterorology (BMG) bahwa pusat gempa berada di 0,84 Lintang Selatan dan di kedalaman 71 km dari permukaan laut dekat Padang Pariaman sekitar 35 km dari kota Padang. Getaran gempa hampir dirasakan oleh semua wilayah Sumatera tetapi dampak terburuk dirasakan di 4 kabupaten di Sumatera. Mereka adalah Kabupaten Agam, Kabupaten Padang Pariaman, Pariaman Kota dan Padang Kota. Karena gempa ini yang tercatat 1.200 jiwa meninggal dan sekitar 80% rumah di Padang Pariaman runtuh karena gempa yang muncul sekitar pukul 05:20 wib tersebut.

Oleh sebab itu sejak awal Oktober 2009 sampai dengan akhir Fabruari 2011 MDS melaksanakan program di Padang Pariaman, mulai dari bantuan tanggap darurat, trauma healing, kesehatan, bantuan shelter dan perumahan, air bersih dan Pengurangan risiko bencana.

Program tersebut diawali dengan assessment yang dilakukan 3 hari setelah kejadian gempa. Lokasi yang dipilih adalah lokasi yang terkena dampak paling parah dan sulit mendapatkan bantuan. Lokasi tersebut adalah Nagari Lubuk Pandan, Kecamatan 2 x 11 Enam Lingkung. Nagari ini terdiri dari 5 desa (korong), mereka adalah: Korong Balai Satu, Korong Panyalai, Korong Kampung Guci, Korong Padang Bukit dan Korong Kiambang. Sekitar 1,380 keluarga tinggal di Nagari Lubuk Pandan dengan 5,478 jiwa dan sekitar 1.000 anak-anak. Dalam sebuah pengamatan dilakukan oleh panitia lokal itu ditemukan 1,093 rumah roboh dan ratusan rumah lainnya rusak dengan 6 kematian dan ribuan orang mendapat cedera baik ringan maupun berat. Di samping lokasi di atas MDS juga melakukan pendampingan di Gereja BNKP Padang untuk bekerjasama memberikan bantuan bagi jemaat BNKP yang tidak atau belum mendapat bantuan dari pihak lain.

Melihat kondisi ini MDS langsung memberikan program bantuan tanggap darurat, berupa bantuan sembako dan, trauma healing dan pengobatan. Setelah melakukan program emergency pangan pada 1840 jiwa dan pengobatan 2362 jiwa. MDS bekerjasama dengan MCC melakukan program recovery hunian dengan mewujudkan bangunan shelter khusus di kampung Guci dan jemaat BNKP di wilayah teluk bayur Padang. Sejumlah 274 shelter berhasil dibangun. Pada tahap ini sejumlah 31 rumah semi permanen dibangun untuk keluarga yang tidak mampu dan melakukan renovasi 92 rumah korban gempa.

Untuk 4 korong yang lain yang berada di Nagari Lubuk Pandan, MDS bekerjasama dengan PSPP-CordAid, membangun shelter sebanyak 800 unit dan trauma healing, program kemudian dilanjutkan di Nagari Sungai Asam dengan mendirikan shelter sejumlah 1025. Selain shelter, di wilayah Nagari Lubuk Pandan dan Sungai Asam juga dilaksanakan program pengurangan risiko bencana. Sedangkan di Korong Padang Bukit untuk mengatasi kekurangan air dibangun 5 titik sumur bor.

Selain wilayah di atas MDS juga bekerjasama dengan PSPP-CordAid untuk melanjutkan penyelesaian program di Kecamatan Sungai Limau dengan memperbaiki dan membuat rumah kawat sejumlah 295 unit yang diselesaikan pada akhir Februari 2011.